Au cours d'une mission au Mexique, le colonel John "Hannibal" Smith et le lieutenant Templeton "Foot" Peck ont ​​été capturés par la police fédérale corrompue du général Tuco, le premier étant détenu dans un entrepôt et le second en captivité dans le ranch de Tuco.

Smith réussit à s'échapper et à sauver Peck, et en chemin, il a rencontré le Ranger de l'armée Bosco Barracuda Barracks, qui l'a emmené dans sa camionnette et l'aide à mettre en œuvre le plan de sauvetage. Poursuivi par Tuco, le trio se rend dans un hôpital militaire pour recruter H.M. "Loop" Murdoch, un pilote à la santé mentale douteuse. Lors du duel du trio avec Tuco, Barracuda développe une phobie du vol et s'échappe dans un hélicoptère médical.

La poursuite se termine lorsque Smith et sa bande attirent Tuco dans l'espace aérien américain, et Tuco est abattu par un F-22 Raptor après l'invasion.

Huit ans plus tard, en Irak, Smith fut contacté par l'agent Lynch de la Division des activités spéciales de la CIA, qui lui confia la mission de récupérer des plaques d'imprimerie américaines et plus d'un milliard de dollars en espèces auprès des insurgés irakiens qui prévoyaient de le transporter dans un convoi blindé vers Bagdad. Le supérieur de Smith, le général Morrison, a accepté l'opération, tandis que l'ex-petite amie de Pike, le capitaine Carissa Sosa du Naval Criminal Investigative Service, a tenté de dissuader l'équipe de Smith de mener à bien la mission.

Alors que Smith et sa bande attirent Tuco dans l'espace aérien américain, il est abattu par un F-22. Bien que la mission soit réussie et que les soldats retournent à la base, ils en profitent pour retirer la plaque d'immatriculation lorsque la voiture de Morrison explose et que l'argent est détruit par Pike et ses hommes, qui travaillent pour une société de sécurité privée. Morrison, décédé dans l'explosion, n'a pas autorisé la mission. Smith, Peck, Barracks et Murdoch ont tous été jugés par des tribunaux militaires et condamnés à dix ans de prison et déchus de leurs titres militaires. Pendant ce temps, Sosa est rétrogradé au rang de lieutenant.

Six mois après l'incident, Lynch a rendu visite à Smith en prison et lui a dit que Pike essayait de vendre les plaques avec l'aide de bailleurs de fonds arabes. Smith a également eu accès aux informations de Pike et a conclu un accord avec l'agent de la CIA : récupérer l'étiquette en échange d'un dossier vierge pour lui et son équipe et d'un retour dans l'armée. Lynch a accepté et a aidé Smith à s'échapper. L'ancien colonel dit à ses hommes de s'échapper, alors Souza suit leur trace. Ils parviennent à s'enfuir à bord d'un avion militaire détourné, mais l'avion est abattu par un drone. L'Agence All Hazard a réussi à leur sauver la vie en se réfugiant dans un char équipé d'un parachute et en atterrissant en toute sécurité sur terre.

Les Runaways continuent de traquer Pike, reprenant la plaque et kidnappant le bailleur arabe, qui s'avère être Morrison, qui avait conspiré avec Pike et Lynch et simulé sa mort. Lynch les a retrouvés et a ordonné une frappe aérienne pour les tuer, mais l'équipe s'en est sortie indemne, tandis que Morrison a été tué sur le coup.

Smith et son gang contactent Sousa pour piéger Lynch sur un quai de Los Angeles dans le cadre d'une opération initiée par Pike, qui se déroule sans problème jusqu'à ce que Pike tire sur le conteneur avec un lance-roquettes et tente de tuer Peck, qui est ensuite tué par le Barracuda. Smith a conduit Lynch dans un conteneur d'expédition avec Murdoch, qui portait un casque balistique sur la tête pour faire paraître Morrison vivant.

Lynch pensait que Murdock avait tué Morrison et tiré sur Murdock dans le casque et a admis avoir volé la plaque avant d'être arrêté par Sosa. Un agent de la CIA prétendant être Lynch est arrivé et a arrêté un autre Lynch, dont le vrai nom était Vance Burress.

Bien qu'ils aient réussi et prouvé leur innocence, la « All Hazard Agency » a été arrêtée par l'armée pour s'être évadée. Sosa, redevenu capitaine, a promis aux membres de l'équipe qu'il ferait tout ce qu'il fallait pour les aider, et a embrassé Peck, profitant de l'occasion pour donner à Peck les clés des menottes pendant le baiser, ce qui leur permettrait de s'échapper à nouveau.