Halloween Town est un monde fantastique peuplé de monstres et de créatures associés à la fête. Jack Skellington, surnommé le « Roi Citrouille » par les citoyens, les dirige dans l'organisation des célébrations annuelles d'Halloween.

Cette année, cependant, Jack en avait assez de la même routine annuelle et voulait quelque chose de nouveau. Le lendemain matin, il se promène dans les bois et découvre sept arbres avec des portes vers d'autres mondes sur le thème des vacances, dont un qui mène à la ville de Noël. Intrigué par cette étrange fête, Jack rentre chez lui pour montrer ses trouvailles à ses amis et voisins, mais ignore l'idée de Noël et ils comparent tout à l'idée d'Halloween. Cependant, ils sont liés à un personnage de Christmas Town : son dirigeant, le Père Noël, ou « Ear Percer » comme Jack l'appelle à tort.

Jack s'enferme chez lui pour étudier davantage Noël et trouver un moyen de le rationaliser. Après que les recherches et les expérimentations n'aient rien donné, Jack a finalement décidé que Noël devait être amélioré plutôt que compris, et a annoncé à Halloween Town qu'ils célébraient Noël cette année.

Jack confie aux résidents de nombreuses tâches sur le thème de Noël, notamment chanter des chants de Noël, fabriquer des cadeaux et construire des traîneaux tirés par des rennes squelettiques.

Sally, une femme créée par le scientifique fou local, le Dr Finkelstein, a une vision détaillant comment leurs efforts se termineront de manière désastreuse. Son béguin, Jack rejette l'observation et lui chargé de lui confectionner un costume de Père Noël. Il charge également le trio de voyous Eminem, Strahm et Grams de kidnapper le Père Noël et de l'emmener à Halloween Town. Jack dit au Père Noël qu'il s'occupera de Noël pour lui cette année et ordonne au trio d'assurer la sécurité du Père Noël. Contre la volonté de Jack, ils livrent le Père Noël au rival de longue date de Jack, Oogie Boogie, un vieux bougre qui conspire à risquer la vie du Père Noël pour tenter de le sauver, lui et Jack, d'un sort potentiel, mais elle aussi se fait prendre.

Jack est parti offrir ses cadeaux au monde réel, mais les cadeaux ont effrayé les gens, qui ont alors contacté les autorités. Ils ont ensuite demandé aux habitants de verrouiller leurs maisons et résidences pour se protéger. Lorsque la nouvelle des actions de Jack s'est répandue, il a finalement été abattu par l'armée et s'est écrasé dans un cimetière.

Même si tout le monde à Halloween Town le croyait mort, Jack a en réalité survécu. Bien qu'il ait déploré le désastre qu'il avait causé, il a constaté qu'il appréciait toujours l'expérience, ravivant son amour pour Halloween, mais il s'est vite rendu compte qu'il devait agir rapidement pour nettoyer ses dégâts. Jack rentre chez lui et s'infiltre dans le repaire d'Auggie, sauvant le Père Noël et Sally, puis affronte Auggie et le vainc en démêlant les fils qui maintiennent ses formes en tissu ensemble.

Jack s'excuse plus tard auprès du Père Noël pour son comportement et assure qu'il peut toujours sauver Noël, bien que le Père Noël soit en colère contre Jack pour les ennuis qu'il a causés et pour ne pas avoir tenu compte des avertissements de Sally. Lorsque le Père Noël remplace les cadeaux de Jack par des cadeaux authentiques, toute la ville d'Halloween célèbre la survie et le retour de Jack. Plus tard, le Père Noël apporte des chutes de neige dans la ville, montrant à Jack qu'il n'y a pas de mésentente entre eux. Cela réalise dans une certaine mesure le rêve original de Jack et permet aux habitants de comprendre enfin le vrai sens de Noël. Plus tard, Jack et Sally expriment leur amour l'un pour l'autre.