En 1821, les troupes mexicaines étaient sur le point de libérer Mexico du colonialisme espagnol. À Las Vegas, le brutal gouverneur espagnol Don Rafael Montero (Stewart Wilson) est sur le point d'être renversé. Afin de capturer son vieil ennemi, l'épéiste masqué Zorro (Anthony Hopkins), Montero a planifié l'exécution de trois innocents. Zorro libère les prisonniers mais, avec l'aide de deux frères orphelins, Joaquín et Alejandro Murrieta, déjoue le piège tendu par Montero. Il leur a donné sa propre médaille en récompense, et après avoir dessiné un "Z" sur le cou de Montero avec son épée, s'est échappé sur son cheval Tornado.

Cependant, la nuit suivante, Montero arrive chez Zorro et en déduit que la véritable identité de Zorro est Don Diego de la Vega, un noble espagnol qui a épousé Esperanza, la femme que Montero avait toujours voulue. Alors qu'elle tente d'arrêter Diego, une bagarre éclate et Esperanza est tuée alors qu'elle tentait de protéger Diego. La maison de Diego a été incendiée et sa fille Elena a été ramenée en Espagne par Montero pour y être élevée comme sa propre fille, tandis que Diego a été jeté en prison.

Vingt ans plus tard, les frères Murrieta deviennent majeurs et deviennent des bandits. Après avoir commis leur dernier crime avec son associé Jack "Three Finger", le gang rencontre une entreprise dirigée par le sadique capitaine de l'armée américaine Harrison Love. Ce dernier est le commandant en chef de la Garde de Montero, qui tire sur Jack et décapite Joaquín Murrieta (Victor Rivers) sous le regard impuissant de son frère Alejandro (Antonio Banderas).

La nuit suivante, Montero retourne secrètement en Californie sous l'escorte du capitaine, dans l'espoir de voir Diego en prison. Bien que Diego soit là, Montero ne le reconnaît pas (les autres prisonniers se condamnent à sa place). Diego s'est ensuite échappé et a prévu de tuer Montero le lendemain lors d'une cérémonie publique commémorant le retour de Montero. Cependant, Diego se retient lorsqu'il voit Elena (Catherine Zeta-Jones) se transformer en une très belle jeune femme. Elena reçoit un bouquet de fleurs romaines locales dont elle reconnaît le parfum, même si elle croit à tort n'être jamais allée en Californie.

Plus tard, Diego rencontre Alejandro, qu'il reconnaît grâce à la médaille qu'il a remise à Joaquín. Alejandro devient alcoolique, se remet encore de la mort de son frère et rêve de vengeance. Diego recrute et forme Alejandro pour lui succéder.

Pendant l'entraînement, Alejandro a décidé de sortir masqué. Il se rend en ville et rencontre secrètement Elena alors qu'il était en route pour récupérer un étalon andalou noir, semblable au cheval Tornado de Zorro. Son plan réussit, faisant exploser une brigade. Fuyant le capitaine Love, Alejandro se réfugie dans une église avec l'aide du vieil ami de Zorro, le père Felipe. Alejandro se cache dans le confessionnal et Elena, croyant parler à un prêtre, révèle son obsession pour le mystérieux bandit qu'elle vient de rencontrer.

Après son retour, Diego gronde Alejandro, disant que Zorro est un serviteur du peuple, pas un voleur et un aventurier. Diego explique à Alejandro que pour gagner la confiance de Montero, il doit se comporter comme un gentleman de son statut. Alejandro incarne un noble dont Diego est le serviteur, qui assiste à une fête dans la propriété de Montero, où il gagne rapidement l'admiration d'Elena et la confiance de Montero, en l'invitant à une réunion secrète. Lors de cette réunion, il a annoncé son intention de reprendre toute la Californie avec la famille Don en l'achetant à son héros, le général Antonio Lopez de Santa Anna.

Le lendemain, Alejandro et la famille Don sont emmenés par Montero dans une mine d'or secrète appelée Eldorado, où les agriculteurs et les petits criminels sont utilisés comme travail forcé. Montero a révélé qu'il prévoyait d'acheter la Californie à Santa Anna pour en faire une république indépendante en utilisant l'or extrait des propres terres du général. Mais la visite est interrompue par Jack "à trois doigts", désormais travailleur forcé, qui est à nouveau abattu par Love sous le regard impuissant deAlejandro. À son retour, le capitaine a appelé ce dernier au bureau pour une confrontation, mais l'a laissé partir.

Pendant ce temps, Diego profite de l'occasion pour se rapprocher d'Elena, se faisant passer pour le serviteur Bernardo (un clin d'œil au nom du collègue muet de Zorro de la série originale), et apprend que Montero a dit à Elena que sa mère était morte en couches. Plus tard, Elena a rencontré une femme qui était sa nounou et qui suspendait souvent la Romagne au-dessus de son lit d'enfance.

Diego autorise Alejandro à voler la carte des mines d'or du domaine Montero sous l'identité de Zorro. Pour détourner l'attention, Diego ramène officiellement Zorro près du domaine de Montero. Peur de la réaction de Santa Ana s'il découvrait que l'or qu'il a reçu appartenait déjà à lui, à Montero et au capitaine Love décide de détruire la mine et de tuer tous les mineurs pour supprimer toutes les preuves. Après avoir réussi à voler les plans, Alejandro affronte Montero, le capitaine Love et leurs gardes sous le masque de Zorro. Il s'enfuit alors vers les écuries, où il rencontre Elena, qui tente de récupérer la carte ayant appartenu à son « père ». Quand Elena démontre ses prouesses avec l'épée, Zorro parvient à la vaincre et à trancher son corsage avec son épée, la laissant juste en sous-vêtements. Après un baiser passionné, Zorro s'échappe de l'écurie et échappe à ses poursuivants.

Alejandro utilise une carte volée pour localiser la mine afin de libérer les ouvriers. Diego dit à Zorro de faire le travail seul pour qu'il puisse combattre Montero et sauver sa fille Elena. Alejandro se dirige vers les mines, se sentant trahi par la vendetta personnelle de Diego. Plus tard dans la nuit, Diego confronte Montero et lui demande de révéler sa véritable identité à Elena. Cependant, il est bientôt capturé par Montero, qui menace de le tuer devant sa fille. Alors que les gardes escortent, Diego donne à Elena le nom de la fleur qu'elle a rencontrée à son arrivée en Californie, lui faisant comprendre qu'il est son vrai père. Le lendemain matin, après le départ de Montero et Love, elle libère Diego de sa cellule et ils se rendent aux mines.

Là, l'équipe de Montero a chargé l'or dans des véhicules, enfermé les travailleurs dans leurs dortoirs et préparé des explosifs. Zorro intervient, empêche la livraison de la dernière cargaison d'or au chariot et défie Love dans un duel à vie ou à mort. Diego empêche Montero de tirer sur Zorro et se bat avec lui. Après avoir désarmé l'ancien gouverneur, Elena lui demande d'épargner la vie de ses ennemis. Ce dernier en profite pour menacer la jeune femme et nuire à Diego. Zorro a vaincu Love après un combat à l'épée. Son mentor, mortellement blessé, réussit également à vaincre Montero, le renversant avec les rênes d'un carrosse chargé d'or tout en écrasant Love. Elena et Alejandro, désormais démasqués, libèrent les ouvriers capturés avant que la mine n'explose.

Avant de mourir dans leurs bras, Diego se réconcilie avec Alejandro, lui remet le manteau de Zorro et donne sa bénédiction à son mariage avec Elena. A la fin du film, Alejandro et Elena se marient et reconstruisent le manoir de la Vega. Ils ont eu un fils nommé Joaquín en l'honneur du frère d'Alejandro.