En 1821, les troupes mexicaines étaient sur le point de libérer Mexico du colonialisme espagnol. À Las Vegas, le brutal gouverneur espagnol Don Rafael Montero (Stewart Wilson) est sur le point d'être renversé. Afin de capturer son vieil ennemi, l'épéiste masqué Zorro (Anthony Hopkins), Montero a planifié l'exécution de trois innocents. Zorro libère les prisonniers mais, avec l'aide de deux frères orphelins, Joaquín et Alejandro Murrieta, déjoue le piège tendu par Montero. Il leur a donné sa propre médaille en récompense, et après avoir dessiné un "Z" sur le cou de Montero avec son épée, s'est échappé sur son cheval Tornado.

Cependant, la nuit suivante, Montero arrive chez Zorro et en déduit que la véritable identité de Zorro est Don Diego de la Vega, un noble espagnol qui a épousé Esperanza, la femme que Montero avait toujours voulue. Alors qu'elle tente d'arrêter Diego, une bagarre éclate et Esperanza est tuée alors qu'elle tentait de protéger Diego. La maison de Diego a été incendiée et sa fille Elena a été ramenée en Espagne par Montero pour y être élevée comme sa propre fille, tandis que Diego a été jeté en prison.

Vingt ans plus tard, les frères Murrieta deviennent majeurs et deviennent des bandits. Après avoir commis leur dernier crime avec son associé Jack "Three Finger", le gang rencontre une entreprise dirigée par le sadique capitaine de l'armée américaine Harrison Love. Ce dernier est le commandant en chef de la Garde de Montero, qui tire sur Jack et décapite Joaquín Murrieta (Victor Rivers) sous le regard impuissant de son frère Alejandro (Antonio Banderas).

La nuit suivante, Montero retourne secrètement en Californie sous l'escorte du capitaine, dans l'espoir de voir Diego en prison. Bien que Diego soit là, Montero ne le reconnaît pas (les autres prisonniers se condamnent à sa place).