Il y a 500 ans, Kumanda était une terre prospère où les humains et les dragons vivaient en harmonie, jusqu'à ce qu'une force maléfique "Druun" apparaît et commence à faire des ravages sur tout, absorbant les âmes de toutes les créatures vivantes et les transformant en pierre. 

Les dragons de Kumanda combattirent les Druun, mais furent finalement transformés en pierre, à l'exception du dernier de sa race, les Sisu. Elle a utilisé la magie du dragon restante pour créer un orbe appelé « Pierre du dragon », qui non seulement a combattu les Druun, mais a également ressuscité tous les dragons sauf les dragons restants. Depuis lors, les humains ont vécu dans différentes tribus nommées en raison de leur emplacement le long d’une immense rivière en forme de dragon. Crocs, cœurs, queues, dos et griffes, chaque tribu convoite le pouvoir de la pierre. Le clan Dragon Heart a obtenu cet orbe et l’a conservé jusqu’à ce jour.

500 ans plus tard, Benja, chef de la tribu Cœur Rouge, entraîne sa fille Raya à garder les pierres précieuses. Malgré les tensions entre les tribus, il pensait que chacun pouvait mettre de côté ses différences et réformer Kumandra. Il décide toutefois de les inviter à une fête, au cours de laquelle Raya finit par se lier d'amitié avec Namali, la fille de Verana, le chef de la tribu Fang, car ils partagent un intérêt commun pour les dragons. Namali a donné à Raya un pendentif dragon et elle lui a montré l'emplacement de l'orbe. Cependant, Namali trahit Raya et bientôt la tribu de Fang tente de voler la pierre. D'autres tribus l'ont découvert, une bataille a éclaté et la pierre s'est brisée en cinq morceaux.

Au fur et à mesure que chaque tribu vole un morceau du tesson, le Druun réapparaît. Raya tenta de sauver son père, mais celui-ci lui dit de s'enfuir avec le fragment qu'elle avait réussi à récupérer et la jeta dans la rivière (l'eau était la seule défense connue contre le Fléau), que les Druun transformèrent en rocher.

Six ans plus tard, Raya est au bout d'un ruisseau à la recherche de Sisu, la femelle dragon qui a créé la sphère et la seule survivante de sa race, pour l'aider à récupérer les fragments manquants de la Pierre du Dragon et à ramener le dernier fragment pour tout reconstituer. ensemble. Elle s'est retrouvée dans le désert de la région de Dragon Tail Tribe et a réussi à invoquer Sisu.Cette dernière fut choquée par le retour du Druun et la destruction de la Pierre de Dragon, admettant que la pierre n'était pas sa propre création mais celle de ses frères et sœurs, mais nota qu'elle pouvait les utiliser tant qu'elle détenait la Pierre de Dragon. Le pouvoir de certains d'entre eux .

Ils trouvèrent les restes du Temple de Tyr et, avec Sisu, récupérèrent un deuxième fragment de pierre, acquérant ainsi la capacité de prendre une forme humaine. Ils rencontrent Namali et ses hommes, mais tous deux parviennent à s'échapper en montant à bord du navire d'un jeune garçon nommé Bourne, qui a perdu sa famille aux mains des Druun. 

Ils arrivent chez la Tribu des Griffe, qui a construit sa maison sur l'eau pour se protéger des Druun : Raya tente de retrouver leur chef afin de récupérer l'éclat de pierre de dragon. En ville, Raya rencontre un « bébé pickpocket » nommé Noi et ses trois compagnons singes, les Anguis, qui l'ont adoptée après que sa mère ait été tuée par les Druun. Après une course-poursuite, Raya décide de les embaucher pour l'aider.

Sisu se rend en ville pour acheter un cadeau parce qu'elle pense que c'est mieux que de se battre, et tombe sur le véritable chef de la tribu, qui finit par menacer de la faire ratifier par les Druun. Raya l'a sauvée et a récupéré l'éclat, ce qui a permis à Sisu de générer la brume et de retourner à Bunn avec Noi, où les Anguis les ont rejoints.

Le groupe atteint la tribu de Dos et Raya et Sisu tentent d'entrer dans le village. Ils sont capturés par Tong, un puissant guerrier qui ne sait qu'en faire. Leurs amis se précipitent et les sauvent, puis ils sont informés de l'arrivée de Namali et de ses troupes. Réalisant que Don est le seul survivant de la tribu, Raye le supplie d'aider ses amis à s'échapper pendant qu'elle emmène Namari. Raya affronte Namali et est presque vaincue.

Cependant, Sisu reprit sa véritable forme de dragon et repoussa Namali et ses soldats tout en pulvérisant de la brume pour les empêcher de les poursuivre. Avant de partir, Naamari est touchée par l'apparence de Sisu. Elle retourna auprès de sa mère, la chef Verana, pour l'en informer, mais elle lui demanda plutôt de récupérer elle-même la pierre et les fragments de Sisu, craignant que les autres tribus ne ripostent contre elles une fois la pétrification levée. De retour sur le navire, Raya avoue enfin la vérité sur Sisu à son équipe, et Don accepte de donner à Sisu un fragment de pierre de la tribu, donnant à cette dernière la capacité d'invoquer la pluie.

Alors qu'ils se rapprochent de la tribu de Fang, Raya suggère une infiltration pour obtenir la pièce finale, tandis que Bone suggère un assaut total mais Sisu offre à Naamari un cadeau pour la convaincre de donner la pièce. Lorsque Raya refuse, Sisu la ramène dans les ruines de la Heart Tribe et révèle le sort de ses frères et sœurs. Bien que Sisu n'ait pas créé la pierre, ses frères et sœurs lui faisaient suffisamment confiance pour la laisser faire ce qu'il fallait. Raya cède et décide de donner le pendentif dragon à Namali en gage de confiance afin qu'elle puisse rendre le dernier morceau. Raya et Sisu ont rencontré Namali en privé, mais lorsqu'elle a vu d'autres fragments de pierre, elle a dégainé une arbalète chargée.

Sisu a essayé de la calmer, mais Raya a senti que Naamari était sur le point de tirer et l'a attaquée, mais Sisu a été accidentellement touché par la flèche de Naamari et est tombé dans la rivière. L'eau qui protégeait la tribu Fang des Druun commença à disparaître et Namali s'enfuit.

La tribu de Fang est attaquée par les Druun et Raya entre pour affronter Namali, qui pleure le sort de sa mère, Verana, pétrifiée par les Druun. Les deux se battent pour se tuer, tandis que Don, Boone, Noe et Angies sauvent les habitants de Druun. Raya se prépare à exécuter Namari, mais Namari lui reproche de ne pas faire confiance à Sisu, qui est la seule à faire confiance à la princesse Longya.

Raya reprend ses esprits et va aider son amie. Namali à son tour aide tout le monde avec une de ses pierres. Alors que les éclats commencent à perdre leur pouvoir, ils tombent tous dans la fosse et sont entourés par les Druuns. Raya leur dit qu'ils doivent recoller les morceaux, mais ses amis refusent d'aider Namali. Pour montrer sa foi, Raya a donné son éclat à Namali et a demandé au Druun de la pétrifier. Un à un les autres suivirent, et Namali recolla les morceaux avant de se laisser dévorer par les Druun. Le plan a fonctionné : une fois les fragments réunis, les Druun ont été vaincus et tout le monde a été ressuscité.

Les dragons sont tous ressuscités et ramenés à Sisu, qui est heureuse d'avoir retrouvé ses frères et sœurs et remercie Raya pour son aide et sa confiance dans les autres. Toute la petite troupe retrouvent leur famille, tandis que Raya retourne chez elle auprès de  son papa, le chef Benja. Elle lui présente Sisu alors que toutes les tribus se rassemblent pacifiquement pour célébrer le retour de la paix et la renaissance de Kumandra.